Teroristična skupina Haqqani Network se je začela pojavljati v poročilih obveščevalnih agencij, ki so delovale v Afganistanu in Pakistanu v obdobju 2004–2005. Ime mreže je povezano z imenom terenskega poveljnika Jalaluddina Haqqanija, ki se je boril proti sovjetskim enotam.
Med bivanjem sovjetskih vojakov v Afganistanu je bil Jalaluddin Haqqani slavni terenski poveljnik, podpirala ga je ameriška centralna obveščevalna agencija, ki je zagotavljala finančno pomoč.
Po umiku sovjetskih vojakov se je državljanska vojna v Afganistanu nadaljevala. Haqqani je sodeloval v več pomembnih operacijah, njegova avtoriteta pa se je znatno povečala. Leta 1992 je sodeloval v mirovnih pogajanjih med vojskujočimi se stranmi, nato je postal minister za pravosodje Afganistana in je to funkcijo opravljal štiri leta.
Po zajetju Kabula od talibanov leta 1996 je Haqqani prestopil na njihovo stran in bil imenovan za ministra za mejne zadeve. V praksi je to privedlo do dejstva, da je popolnoma nadzoroval provinco Paktia, v kateri so bila taborišča za usposabljanje Al-Kaide, ki so jih pozneje uničili Američani. Po začetku ameriške operacije proti talibanom je Haqqani začel poveljevati njihovim oboroženim silam, vendar se napadalcem ni mogel upreti. Talibani so bili poraženi, Haqqani je začel voditi gverilsko vojno in so ga Američani kmalu imenovali za enega izmed šestih najbolj iskanih teroristov talibanov.
Dejanja Haqqanija proti vladnim silam in ameriški vojski so bila zelo uspešna, saj so od sredine 2000-ih v poročilih iz Afganistana začeli omenjati "mrežo Haqqani", ki je nakazovala povečan vpliv tega poveljnika. Od leta 2006 je skupaj s Haqqanijem mrežo vodil njegov sin Sirajuddin (Siraj). Od leta 2007 je Siraj tisti, ki je vodil skupino zaradi poslabšanja zdravja njegovega očeta. Teroristična skupina Haqqani, tesno povezana s talibani, je kljub temu delovala neodvisno in se nikomur ni podredila.
Kmalu je bilo v vodstvu "mreže Haqqani" že več članov družine njenega ustanovitelja in več terenskih poveljnikov, skupina je nadzorovala več afganistanskih provinc. Od leta 2008 je skupina začela uporabljati samomorilce za izvajanje terorističnih napadov, ameriške oblasti pa so jo začele obravnavati kot največjo grožnjo ameriškim vojakom v Afganistanu. Po podatkih obveščevalnih služb je število članov mreže v letu 2010 znašalo od 4 do 15 tisoč ljudi. Zaradi zaprte narave skupine je bilo težko natančneje oceniti število militantov.
Od leta 2008 so ZDA ustanovitelja skupine Siraja Haqqanija ZDA uvrstile na seznam teroristov; od leta 2009 je za informacije o njem napovedana nagrada v višini 5 milijonov dolarjev. V naslednjih letih so bili na seznam teroristov dodani Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani in Badruddin Haqqani.
Ameriške oblasti si dolgo niso upale uradno vključiti "mreže Haqqani" v število terorističnih skupin, saj so še vedno upale, da se bodo dogovorile z voditelji tako vplivnega gibanja. Obveščevalne službe države so se celo sestajale s predstavniki mreže, vendar se niso uspele dogovoriti.
Razmere so se končno razjasnile septembra 2011, ko so teroristi iz mreže Haqqani napadli sedež sil Nata in ameriško veleposlaništvo v Kabulu. Žrtev napada je postalo 16 ljudi. Postalo je jasno, da s teroristi ne bo mogoče doseči dogovora, septembra 2012 pa je bilo objavljeno, da so ZDA na seznam terorističnih skupin dodale mrežo Haqqani.
